立足南海及邻近海洋，围绕海洋环境安全保障、岛礁生态系统与安全、海洋资源开发利用等国家重大需求，深入开展热带海洋多时空尺度动力过程、岛礁环境响应过程研究，创新海洋非平衡态动力学理论，突破海洋观测、预报和综合治理关键技术。实现南海管辖海域及岛礁环境可知、变化可报、影响可控，服务海洋环境安全保障、权益维护和可持续发展。