热带海洋环境与岛礁生态全国重点实验室（英文：State Key Laboratory of Tropical Oceanography），于2025年1月获批建设，是基于“热带海洋环境国家重点实验室”的优化重组。实验室主要包括4大研究方向：方向一：海洋环境智能探测与模拟应用；方向二：热带海洋多尺度过程与海气相互作用；方向三：岛礁生态系统与生态安全；方向四：海洋地质环境演变与资源效应。

实验室定位目标：立足南海及邻近海洋，围绕海洋环境安全保障、岛礁生态系统与安全、海洋资源开发利用等国家重大需求，深入开展热带海洋多时空尺度动力过程、岛礁环境响应过程研究，创新海洋非平衡态动力学理论，突破海洋观测、预报和综合治理关键技术。实现南海管辖海域及岛礁环境可知、变化可报、影响可控，服务海洋环境安全保障、权益维护和可持续发展。