1. 深海微生物新代谢产物的挖掘与应用潜力评价，国家重点研发计划项目，2025/01-2027/12，课题负责人，在研。

2. 放线菌源脂肽cihanmycins生物合成修饰酶的功能研究，广东省自然科学基金面上项目，2024/01-2026/12，主持，在研。

3. 微生物源药物生物合成途径解析与优化，国家重点研发计划项目，2023/12-2028/11，子课题负责人，在研。

4. 生物碱cyanogramide生物合成中细胞色素P450酶CyaGHI酶学机制研究，国家自然科学基金面上项目，2022年1月-2025年12月，主持，在研。

5. 新结构和新功能天然产物合成体系的智能创建，国家重点研发计划项目，2019年7月-2024年6月，子课题负责人，结题。

6. 海洋放线菌Actinoalloteichus cyanogriseus WH1-2216-6 次级代谢产物挖掘与生物合成，青岛海洋科学与技术国家试点实验室开放基金项目，2017年4月-2020年3月，主持，结题。

7. 以结构多样化为导向海洋来源放线菌生物碱cyanogramide生物合成研究，国家自然科学基金面上项目，2017年1月-2020年12月，主持，结题。

8. 珊瑚疾病的防控技术，中国科学院战略性先导科技专项，2016年1月-2020年12月，子课题负责人，结题。

9. 海洋放线菌次生代谢产物Cyanogrisides生物合成后修饰酶的功能研究，国家自然科学基金面上项目，2015年1月-2018年12月，主持，结题。

10. 大环内酰胺类化合物Indiamides生物合成研究，国家自然科学基金青年科学基金，2013年1月-2015年12月，主持，结题。

代表性论文：

1. Fan C#., Zhang L#.,  Wang Y#., Xiong W., Yan Z., Zhang W., Zhang Q., Wang B*., Zhu Y*(通讯作者)., Zhang C*. Discovery and Biosynthesis of Cihanmycins Reveal P450-Catalyzed Intramolecular C−O Phenol Coupling Reactions. Journal of the American Chemical Society, 2024, 146(24): 16478-16489

2. Tan B#., Zhang L#., Zhang Q#., Chen S., Xiong W., Zhu Y*(通讯作者)., Zhang C*. A Widespread Glycosidase Confers Lobophorin Resistance and Host-dependent Structural Diversity. Angewandte Chemie International Edition, 2023, 62(27):e202302043

3. Zhu, Y#(第一作者)., Zhang, Q#., Fang, C., Z hang, Y., Ma, L., Liu, Z., Zhai, S., Peng, J., Zhang, L., Zhu, W*, Zhang, C*. Refactoring the concise biosynthetic pathway of cyanogramide unveils a P450 enzyme-catalyzed spirooxindole formation. Angewandte Chemie International Edition, 2020, 59, 14065-14069.

4. Zhu, Y(第一作者)., Zhang, Q., Li, S., Lin, Q., Fu, P., Zhang, G., Zhang, H., Shi, R., Zhu, W*., Zhang, C*. Insights into Caerulomycin A Biosynthesis: a Two-Component Monooxygenase CrmH-Catalyzed Oxime Formation. Journal of the American Chemical Society. 2013. 135(50): 18750-18753.

5. Zhu, Y#(第一作者)., Picard, M#., Zhang, Q., Barma, J., Després, XM., Mei, X., Zhang, L., Duvignaud, JB., Couture, M., Zhu, W., Shi, R*., Zhang C*. Flavoenzyme CrmK Mediated Substrate Recycling in Caerulomycin Biosynthesis. Chemical Science, 2016, 7(8): 4867-4874.

6. Zhu, Y(第一作者)., Fu, P., Lin, Q., Zhang, G., Zhang, H., Li, S., Ju, J., Zhu, W*., Zhang, C*. Identification of caerulomycin a gene cluster implicates a tailoring amidohydrolase. Organic Letters. 2012, 14(11): 2666-2669

7. Li K#., Chen S#., Pang X., Cai J., Zhang X., Liu Y., Zhu Y*(通讯作者)., Zhou X*. Natural products from mangrove sediments-derived microbes: structural diversity, bioactivities, biosynthesis and total synthesis. European Journal of Medicinal Chemistry, 2022, 230, 114117.

8. Chen R., Zhang Q., Zhang L., Fang C., Zhu H., Zhu W*., Zhang C., Zhu Y*(通讯作者). Biochemical and Structural Insights of the N-methyltransferase CyaF in Cyanogramide Biosynthesis. Journal of Natural Products. 2025, 88, 3, 715–722

9. Zhao X#., Chen Y#., Long T., Liu Z., Zhang Q., Zhang H., Yan Y., Zhang C*., Zhu Y*(通讯作者). Genome Mining and Biosynthetic Reconstitution of Fungal Depsidone Mollicellins Reveal a Dual Functional Cytochrome P450 for Ether Formation. Journal of Natural Products. 2023, 86, 8, 2046–2053.

10. Tan B#., Zhang Q#., Xiao J., Yuan C., Chen Y., Chen S., Zhang W., Zhu Y*(通讯作者)., Zhang C*. Characterization of the P450 Monooxygenase LobP1 as C-32 Hydroxylase in Lobophorin Biosynthesis. Chinese Journal of Chemistry. 2023, 41, 1478-1484.