创新研究院以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻落实党的十九大精神，坚持中国共产党的领导，执行党的路线、方针和政策，在中国科学院党组的全面领导下，实行理事会领导下的院长负责制。理事会是创新研究院的决策、监督与协调机构，是创新研究院的重要治理主体和组织形式。
第一届理事会组成如下：
理 事 长：相里斌
副理事长：于英杰 张 偲
理事成员单位：
广东省科学技术厅、广东省自然资源厅、广州市科学技术局、广州南沙开发区管委会、海军后勤部军事设施建设局、军委科学技术委员会科技战略局、中国科学院前沿科学与教育局、中国科学院重大科技任务局、中国科学院科技促进发展局、中国科学院发展规划局、中国科学院条件保障与财务局、中国科学院人事局、中国科学院国际合作局、中国科学院广州分院、中国科学院华南植物园、中国科学院广州能源研究所、中国科学院南海海洋研究所、中国科学院空天信息研究院、中国科学院工程热物理研究所、中国科学院广州地球化学研究所、中国科学院合肥物质科学研究院、中国科学院武汉岩土力学研究所、中国科学院声学研究所、中国科学院金属研究所、中国科学院海洋研究所、中国科学院地理科学与资源研究所、中国科学院宁波材料技术与工程研究所
